废丞相，提升六部地位，设内阁及行省

朱元璋废除了丞相后，便将中书省的权力分摊给了其属下的六部——吏户礼兵刑工，六部没有领导，只对皇帝负责，六部成为了最高的行政机关。

除了六部以外，同样重要的还有最高监察机关（之前叫御史台，后改名为都察院），都察院的长官叫都御史。六部尚书和都御史合称为七卿。

最高的法院叫大理寺。明清时期，大理寺、刑部与都察院合称为三法司，有重大案件的时候就是有三法司一同审理的，俗称三堂会审。

而最后一个重要的机关叫通政司，他们主要负责向皇帝转交全国各地的建言献策和陈情申诉的。

六部尚书、都御史、大理寺和通政司合称为九卿，他们直接对皇帝负责。就这样，朱元璋一人得以独揽大权，乾纲独断，封建中央的集权制度也迅速攀升到了顶峰。

而也由于朱元璋的独揽大权于一身，他每天都很忙碌，为此他还写过一首御诗：诸臣未起朕先起，诸臣已睡朕未睡。何以江南富足翁，日高三丈犹披被。这首诗说明朱元璋实在太忙了，没享受国一天皇帝该享的福气。为此朱元璋建立了内阁制度。

朱元璋建立的内阁制度以华殿阁大学生、文华殿大学生、武英殿大学生、文渊阁大学生、东阁大学士等官员来充任自己的秘书。不过后来，内阁的权力越来越大，地位也越来越高，以至于入阁如同拜相，这估计是朱元璋始料未及的。

行中书省是元朝实施的直属中央政府管辖的一级行政区，民间简称“行省”或“省”，它由中书省直接管辖。朱元璋废除了中书省后便改省为司。

区划仍然将叫省，省政府才叫司，而且有三个，分别为：承宣布政司，简称布政使司，俗称藩司；提刑按察使，简称按察使司，俗称臬司；都指挥使司，俗称都司。它们合称为三司。

三司中藩司管行政、民政、财政和官员考核，臬司管司法和监察，都司管军政，遇到大事则需三司会议。三司的权力分散，只听命于朝廷，也就无法形成对中央抗衡的地方力量。但是这样的设置就导致政出多门，无法提高效率，于是巡抚和总督因应而生。

巡抚的本义是巡察抚慰，总督的本义是总理督察，顾名思义都是差遣而非职务，因此也没有品级。事实上明代巡抚和总督本为兼有宪衔的特派员，巡抚兼右副都御史，总督兼右都御史，编制也都在都察院。具有地方官员特征，要到明的后期；正式成为封疆大吏，则要到清。（本段出自《易中天中华史朱明王朝》）

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参考资料：易中天：《易中天中华史朱明王朝》