在统一女真过程中，面对内部分裂活动，努尔哈赤化解方式堪称模板

随着统一女真事业的发展，统治权力逐渐扩大和集中，努尔哈赤统治集团内部发生了权力冲突和意见分歧，产生了一股分裂的势力。努尔哈赤的弟弟舒尔哈齐，看到其兄努尔哈赤的权势不断扩张，心中十分不满，进行反对统一的分裂活动。

万历三十五年(1607年)三月，努尔哈赤命舒尔哈齐率军取乌拉部所属东海瓦尔喀部斐优城，他阳奉阴违，在乌碣岩战斗中，不积极指挥，“人止山下”，“未能多所斩获”。战斗结束，他回到赫图阿拉，努尔哈赤斥责他“临阵退缩，时有怨言，自此“不遣舒尔哈齐将兵”，削其兵权。不久，努尔哈赤要他派部众服役筑城，他却叫“部下不赴工”，而自己要另建一城。

万历三十七年(1609年)一月，舒尔哈齐与长子阿尔通阿、二子阿敏三子札萨克图密谋，企图投靠明朝和叶赫，于是移居黑扯木自立。二月努尔哈赤得知后大怒，严加指责，劝其归来，可是他不听劝告。三月努尔哈赤断然没收了舒尔哈齐的全部财产，杀了他的两个儿子阿尔通阿、札萨克图，又把他的部将武尔坤吊在树上烧死。舒尔哈齐感到自身难保，便向努尔哈赤自责说：¨兄汗优养恩深，还妄想去别的地方住我确实是错了。”努尔哈赤念其手足之情，将没收的所有财产全部归还，可是舒尔哈齐并不感恩，相反耿耿于怀。

因此，努尔哈赤将他幽禁，万历三十九年(1611年)八月十九日他在禁所忧恨而死。

此外，努尔哈赤的长子褚英，是权力欲极强的人，时刻都想寻机夺取父权。万历四十年(1612年)六月，努尔哈赤想让褚英作为自己的继承人，便委政于他。可是褚英得寸进尺，企图集权于一身，他背着父亲努尔哈赤挑唆“五大臣互不和睦”，而且胁迫四个弟弟对天发誓：“不违抗长兄的话，什么话也不告诉汗。”

还扬言父亲死后，要把父亲分给弟弟们的财产重新分配。“再有和我关系不好的弟弟，和我不好的大臣们，在我称汘后就杀掉”。因此，四弟、五大臣联合向努尔哈赤报告了上述情况，努尔哈赤严厉地训斥禇英，不要他执掌大政，两次往征乌拉部不让他去。然而禇英并没有接受教训，改正错误，他却联合部将企图杀害努尔哈赤，进行武力夺权，一是写诅咒父亲、诸弟、五大臣的咒语对天地焚烧，咒他们早死；二是决定如果出征乌拉的父亲和诸贝勒大臣打败归来，拒绝他们入城，将其置于死地。

努尔哈赤获胜归来后，得知禇英的恶毒阴谋，非常气愤，便将褚英逮捕审问，他供认不讳。于是努尔哈赤把褚英监禁起来，可是褚英认为以上行径不是自己的过错，毫无悔改的意愿。努尔哈赤经过三年的深思熟虑，最后认为“长子的存在，会败坏国家”，于万历四十三年(1615年)将他处死。

到了万历四十四年(1616年)正月，努尔哈赤在以上政权建设的基础上，并清除了內部的分裂势力，认为“帝业已成”，遂称汗登位，建立“大金”(史称后金)，改元天命，建都赫图阿拉城，从此成为与明王朝中央政府相对抗的地方割据政权。